Skælskør Bymuseum interessenter er delt i tre
1 Fonden for Skælskør Bymuseum ejer bygningen, Algade 2.
2 Skælskør Bymuseum er en del af Museum Vestsjællands organisation. Museets daglige drift drives af frivillige, men den overordnede styring varetages af Museum Vestsjælland.
3 Museumsforeningen for Skælskør Bymuseum har til formål at skabe lokal opbakning og støtte museet på alle måder.